Если Вы не специфицируете параметр msValue, используется значение, возвращаемое методом getMilliseconds.
Если специфицированный Вами параметр находится вне ожидаемого диапазона, setSeconds пытается обновить информацию даты в Date -объекте. Например, если Вы используете 100 для secondsValue, минуты, хранимые в объекте Date, будут увеличены на 1, а 40 будет использовано для секунд.